El Sistema Aragonés de Innovación es el conjunto de todos aquellos agentes y organismos que intervienen y contribuyen al desarrollo de la capacidad innovadora de la economía aragonesa. Esta formado por varios subsistemas:

1. Subsistema de Generación del Conocimiento: Básicamente las Universidades, que cubre la mayoría de disciplinas científicas, además de los centros de investigación y laboratorios.
2. Subsistema de Desarrollo Tecnológico y Transferencia de Tecnología. Tiene como misión generar y difundir el conocimiento y Tecnologías utilizables por el resto de agentes del Sistema. Desarrolla actividades de Desarrollo tecnológico, Transferencia de tecnología, Vigilancia tecnológica, Asesoramiento Técnico y difusión. Son los Centros tecnológicos y las OTRI’s.
3. Subsistema de Apoyo y Promoción. Relaciona la demanda de Innovación con la Oferta y favorece la interacción de la estructura productiva con el entorno científico-tecnológico. Aparecen instrumentos del Gobierno de Aragón (IAF, CEEI, etc), Asociaciones Empresariales y Cámaras de Comercio e Industria entre otros.
4. Subsistema Económico y Social. Está formado principalmente por las empresas como demandantes de Innovación y Tecnología, así como las demandas sociales en materia de sanidad y medio ambiente.
5. Subsistema de Planificación y Gobierno. Se trata de impulsar y estimular desde distintos Departamentos de la DGA la capacidad innovadora de todo el sistema regional.